我國現(xiàn)行企業(yè)所得稅優(yōu)惠政策和制度存在著較大的矛盾問題，主要是：
1.稅收優(yōu)惠多、亂、濫。內(nèi)外資企業(yè)所得稅的優(yōu)惠政策措施，遍及稅率、減免稅、應(yīng)稅所得計算扣除等各個方面，范圍廣、種類多，且變動繁、金額大、透明度少。每年各類、各項減免稅實際金融究竟有多少，很難統(tǒng)計，各類、各項減免稅取得何種實際效益更難測算。這不但導(dǎo)致稅負(fù)不公，也影響財政收入，不適應(yīng)市場經(jīng)濟運行機制的要求。
2.稅收優(yōu)惠的方向、目標(biāo)不夠適應(yīng)經(jīng)濟結(jié)構(gòu)調(diào)整、科技進(jìn)步和社會經(jīng)濟發(fā)展目標(biāo)的要求�，F(xiàn)行對內(nèi)資企業(yè)的所得稅優(yōu)惠，是側(cè)重在社會福利、勞動就業(yè)、環(huán)境保護、校辦企業(yè)、勞務(wù)服務(wù)和“老、少、邊、窮”地區(qū)以及遭受自然災(zāi)害等方面，多系照顧扶助性質(zhì)，屬于產(chǎn)業(yè)激勵方面的優(yōu)惠較少。外資經(jīng)營企業(yè)所得稅優(yōu)惠，則是在普遍優(yōu)惠的基礎(chǔ)上，把優(yōu)惠的重點放在特定不同地區(qū)的投資。雖然也結(jié)合實施了產(chǎn)業(yè)優(yōu)惠，但卻未能較好地區(qū)別不同類別的產(chǎn)業(yè)、規(guī)模、風(fēng)險，進(jìn)行區(qū)別對待，以致境外一些低品位的中小企業(yè)乘機涌入，許多都是規(guī)模小、技術(shù)含量少、污染大，投資期短的勞動密集型項目、服務(wù)性項目。
3.內(nèi)外資企業(yè)稅收優(yōu)惠差別大。外資經(jīng)營企業(yè)是實施普遍優(yōu)惠，優(yōu)惠的范圍廣，種類多，期限長，力度大；而對比內(nèi)資企業(yè)則是差距很大�，F(xiàn)對外資經(jīng)營企業(yè)優(yōu)惠的金額，約為已征稅款的兩倍，而內(nèi)資企業(yè)的前項比例，只約為50％，兩者差距達(dá)4倍之多，影響了內(nèi)資企業(yè)在市場經(jīng)濟中的公平競爭。
4.現(xiàn)行稅收優(yōu)惠不適應(yīng)WTO規(guī)則，要采取“遵循與利用相結(jié)合”的原則要求。一方面，對外資經(jīng)營企業(yè)實施高于內(nèi)資企業(yè)的稅收優(yōu)惠，雖并未違背WTO規(guī)則，但現(xiàn)行有些項目，還是涉嫌有違WTO規(guī)則的，例如涉外稅法細(xì)則規(guī)定，外商投資出口企業(yè)依法減稅期滿后，凡當(dāng)年出口產(chǎn)品值達(dá)到企業(yè)產(chǎn)品值70％以上的，按法定稅率減半征收所得稅。這屬于WTO規(guī)則明確列舉的以出口業(yè)績?yōu)闂l件的禁止性所得稅減免補貼；另外，中國進(jìn)出口銀行和中保財險公司的出口信用保險業(yè)務(wù)，實施“先征后返”的所得稅優(yōu)惠，是一種專向性補貼，對其他企業(yè)包括外資經(jīng)營企業(yè)在內(nèi)都不適用，這是不公平待遇，也與WTO規(guī)則要求不符。再一個是WTO規(guī)則有關(guān)條款，準(zhǔn)許在稅收上支持農(nóng)業(yè)、科研技術(shù)活動、中小企業(yè)、貧困地區(qū)、社會失業(yè)救濟、醫(yī)療衛(wèi)生等，而我們則尚未充分利用這類有關(guān)規(guī)定，來促進(jìn)我國社會經(jīng)濟發(fā)展。
針對以上矛盾，調(diào)整完善企業(yè)所得稅優(yōu)惠政策的原則主要是：1.堅持產(chǎn)業(yè)政策為主，區(qū)域、外資政策為輔，并有機結(jié)合的稅收優(yōu)惠政策原則，對產(chǎn)業(yè)政策鼓勵發(fā)展的高新技術(shù)產(chǎn)業(yè)，農(nóng)業(yè)、林業(yè)、牧業(yè)，能源、交通、通訊、水利等基礎(chǔ)產(chǎn)業(yè)和基礎(chǔ)設(shè)施，國家比較優(yōu)勢產(chǎn)業(yè)、幼稚產(chǎn)業(yè)、環(huán)保產(chǎn)業(yè)，某些第三產(chǎn)業(yè)和資源綜合利用項目，以及國家政策鼓勵的其他產(chǎn)業(yè)，區(qū)別不同情況，給以不同層次和形式的稅收優(yōu)惠。區(qū)域優(yōu)惠主要是貫徹西部大開發(fā)戰(zhàn)略決策，對西部地區(qū)，除享受全國同樣的產(chǎn)業(yè)稅收優(yōu)惠政策外，對在該有關(guān)地區(qū)內(nèi)需要鼓勵發(fā)展的，還應(yīng)給予更多一些稅收優(yōu)惠，并要授予省級政府一定的機動處置權(quán)。外資經(jīng)營企業(yè)稅收優(yōu)惠，是在與內(nèi)資企業(yè)同等產(chǎn)業(yè)優(yōu)惠的基礎(chǔ)上，只對中國特別需要的外資項目，另外再給一些有限度的稅收優(yōu)惠。這就是只對符合法定的產(chǎn)業(yè)優(yōu)惠條件，外商投資額大、技術(shù)先進(jìn)、投資回收期長的外商投資企業(yè)，經(jīng)營期在10年以上的，可在一般優(yōu)惠的基礎(chǔ)上，再適當(dāng)放寬一些優(yōu)惠，以利于吸引先進(jìn)工業(yè)國家的長期大額投資和高新技術(shù)，優(yōu)化經(jīng)濟結(jié)構(gòu)。
2.依據(jù)前述原則，要對現(xiàn)行兩稅優(yōu)惠政策措施，進(jìn)行全面清理整頓，大刀闊斧地取消一切不合時宜的優(yōu)惠項目和規(guī)定，并明文公布。對取消優(yōu)惠后存在困難而又必須扶植的社會福利等企事業(yè)，改為財政撥款形式，效果似可更好一些。東部沿海地區(qū)已逐漸富裕起來，原有分地區(qū)的稅收優(yōu)惠，要改為轉(zhuǎn)向產(chǎn)業(yè)導(dǎo)向、生態(tài)平衡和集約化經(jīng)營等項目開發(fā)為重點的稅收優(yōu)惠。現(xiàn)行外商投資經(jīng)營企業(yè)不符合新稅法政策原則的優(yōu)惠都要取消，為保持政策的連續(xù)性、穩(wěn)定性，避免震動過大，對新稅法頒布前成立的外資經(jīng)營企業(yè)，過去已承諾的減免稅優(yōu)惠，可規(guī)定一個過渡期，對其稅負(fù)超過原有負(fù)擔(dān)的部分，采取“先征后返”的辦法進(jìn)行過渡。外商是否投資，決定于一國政治、經(jīng)濟、資源、交通、信息等多方面的投資環(huán)境因素，稅收只是其中排名較后的一個因素，取消過多的不合理稅收優(yōu)惠，而對中國產(chǎn)業(yè)政策急需的投資項目，仍給予某些高于內(nèi)資企業(yè)的稅收優(yōu)惠待遇，在加入WTO、外資大量涌入的形勢下，是不會造成消極影響的。3.借鑒國際通行做法，要把現(xiàn)行基本上是直接減免稅優(yōu)惠方式，逐漸改為加速折舊、投資抵免、專項扣抵、稅前扣除等間接優(yōu)惠方式。其中加速折舊的優(yōu)惠方式，要特別重視運用，它有利于有針對性地促進(jìn)技術(shù)進(jìn)步創(chuàng)新、更新技術(shù)設(shè)備產(chǎn)業(yè)升級換代；而且從長期來看，它只是一定期間內(nèi)的延緩收稅，而不會減少稅收收入。OECD(經(jīng)濟合作與發(fā)展組織)在2002年3月公布了一份有關(guān)中國經(jīng)濟發(fā)展的綜合報告，為中國稅制改革完善，提出五條建議，其中第一條就是：“引進(jìn)任何新的稅收鼓勵措施都要謹(jǐn)慎，多用加速折舊法代替減免法”。
4.嚴(yán)格實行稅收優(yōu)惠的總量控制和效益控制。稅收優(yōu)惠實際是一種特殊的財政支出方式，必須把稅收優(yōu)惠金額控制在一個適當(dāng)限度內(nèi)，在這個限度內(nèi)確定實施優(yōu)惠的項目和金額，以利于國家的宏觀調(diào)控。要著重考察和發(fā)揮稅收優(yōu)惠的投入產(chǎn)出效應(yīng)，對稅收優(yōu)惠要附加必要的制約條件，特別是可以借鑒經(jīng)濟發(fā)達(dá)國家的成功經(jīng)驗，采取“稅式支出”制度，便利國家通過財政預(yù)算，更好地核算和控制稅收優(yōu)惠導(dǎo)致的稅款損失，并評價由此而取得的經(jīng)濟效益和社會效益，以利于促進(jìn)經(jīng)濟的持續(xù)、穩(wěn)定、健康發(fā)展。
5.單獨制定公布統(tǒng)一的稅收優(yōu)惠法規(guī)，定期調(diào)整。鑒于國家的產(chǎn)業(yè)政策和有關(guān)政策，要隨著形勢發(fā)展而不斷調(diào)整，并且稅收如何貫徹有關(guān)政策、實施優(yōu)惠，需要明確具體，而稅收法律具有較長期間的穩(wěn)定性，不宜頻繁修改。借鑒世界許多國家的做法，宜于在法人所得稅法中，只明確規(guī)定優(yōu)惠的目標(biāo)、原則，簡要列舉幾項要優(yōu)惠的方面，具體優(yōu)惠辦法，授權(quán)由國務(wù)院制定單獨的行政法規(guī)，以利于適應(yīng)形勢發(fā)展，靈活處理，不斷調(diào)整。
